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根據生物安全防護水平的差異，生物安全柜可分為一級、二級和三級三種類型。
一級生物安全柜
一級生物安全柜可保護工作人員和環境而不保護樣品。氣流原理和實驗室通分廚一樣，不同之處在于排氣口安裝有過濾器。所有類型的生物安全柜都在排氣和進氣口使用過濾器。一級生物安全柜本身無風機，依賴外接通風管中的風機帶動氣流，由于不能對試驗品或產品提供保護，目前已較少使用。
二級生物安全柜
二級生物安全柜是目前應用最為廣泛的柜型。按照《中華人民共和國醫藥行業標準YY0569-2005生物安全柜》中的規定，二級生物安全柜依照入口氣流風速、排氣方式和循環方式可分為4 個級別：A1 型，A2 型，B1型和B2 型。所有的二級生物安全柜都可提供工作人員、環境和產品的保護。
A1 型生物安全柜
A1 型生物安全柜前窗氣流速度最小量或測量平均值應至少為0.38m/s。70%氣體通過HEPA 過濾器再循環至工作區，30%的氣體通過排氣口過濾排出。
A2 型生物安全柜
A2 型生物安全柜前窗氣流速度最小量或測量平均值應至少為0.5m/s。70%氣體通過HEPA 過濾器再循環至工作區，30%的氣體通過排氣口過濾排出。
二級B型生物安全柜均為連接排氣系統的安全柜。連接安全柜排氣導管的風機連接緊急供應電源，目的在斷電下仍可保持安全柜負壓，以免危險氣體泄漏出實驗室。其前窗氣流速度最小量或測量平均值應至少為0.5m/s(100fpm)。
B1 型生物安全柜
B1 型生物安全柜70%氣體通過排氣口HEPA 過濾器排除，30%的氣體通過供氣口HEPA 過濾器再循環至工作區。
B2 型生物安全柜
B2 型生物安全柜為100%全排型安全柜，無內部循環氣流，可同時提供生物性和化學性的安全控制，可以操作揮發性化學品和揮發性核放射物作為添加劑的微生物實驗。
三級生物安全柜
三級生物安全柜是為4級實驗室生物安全等級而設計的，是目前世界上最高安全防護等級的安全柜。柜體完全氣密，100%全排放式，所有氣體不參與循環，工作人員通過連接在柜體的手套進行操作，俗稱手套箱，試驗品通過雙門的傳遞箱進出安全柜以確保不受污染，適用于高風險的生物試驗。
在允許循環化學氣體的操作條件下，可以使用外接排放管道蓋的A2型二級生物安全柜。排放管道蓋與一般硬管不同的是有可吸入空氣的進氣孔；排放管道蓋與外排管道連接，然后接到一個外排風機。排放管道蓋上的進氣孔對于A2型二級生物安全柜通過內置風機保持進氣流和下沉氣流的平衡至關重要。如果使用密封的外接風管，進氣流將會過強可能導致安全柜對產品的保護失效；而排放管道蓋上的進氣孔可以從室內吸入空氣，而不會影響安全柜內的氣流平衡。此條件只適用于微量有毒化學物質。
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