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消毒因子必須穿透物品，接觸到微生物才能發揮殺滅作用。不同因子的穿透能力不同。穿透能力強的物理因子有電離輻射、微波和濕熱；紫外線穿透能力弱；濕熱穿透能力比干熱強，但飽和蒸汽不能穿透油性液體和固體，油性液體和固體只能干熱法滅菌。穿透能力強的化學因子有環氧乙烷和戊二醛，甲醛氣體穿透能力差。消毒時除要保證有足夠的穿透時間外，還需為消毒作用的穿透創造條件。例如，熱力消毒時，物品不宜包扎太大、太緊；甲醛熏蒸時，消毒對象要充分暴露，不能堆放；消毒糞便、痰液時，應將消毒劑與之攪拌均勻等等。
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